Esimest korda mainitakse Pärnu jõe suudmes paiknevat sadamakohta Bernu nime all XII sajandi keskel. XIV sajandi Hansa Liitu astudes muutus Pärnu sadam arvestatavaks transiidikeskuseks. Tollased kaubandussidemed ulatusid Vana-Liivimaa keskosast Loode-Venemaani ja Lääne-Euroopani. Uus-Pärnu oli peamiselt impordisadam. Põhilised sisseveoartiklid olid: villane riie, siid, heeringad, kuivatatud kala, vein, õlu, maitseained, käsitöösaadused ja eelkõige sool, mis toodi enamasti Lübeckist ning toimetati Tartu kaudu edasi Venemaale. Eksportartiklid olid: puit, tõrv, hülgerasv, kanep, puutuhk, kasetoht, soolatud vimmakala. Eriti nõutavaks kaubaks kujunes maailmakuulus liivimaa lina.

XVII sajandil spetsialiseerus kohaliku teravilja ja metsa väljaveole põhiliselt Rootsi. Möödunud sajandil edestas Pärnu sadam tänu lina-ja metsakaubandusele kohati Tallinnat: põhiliseks kaubanduspartneriks oli Portugal, hiljem Inglismaa. Esimese iseseisvuse ajal oli Pärnu sadam teiseks sadamaks Tallinna järel. Lisaks metsa ning lina ekspordile hakati rõhku panema ka reisilaevandusele- püüti ju Pärnust teha esinduskuurorti. 1940 aastal muudeti Pärnu sadam kalasadamaks, millena funktsioneeris 1990. aastani.

1990. aastal külastas Pärnut esimene kaubalaev peale 45 aastast vaheaega. Sellest ajast alates on kaubavedu Pärnus kiiresti suurenenud.